We wszystkich kościołach odprawia się tylko tę jedną Mszę. Jest ona pamiątką ostatniej wieczerzy, jaką Jezus spożył wraz ze swymi uczniami w przeddzień Jego męki i śmierci. Była to uczta pożegnalna, ale i prorocza zarazem, bo zapowiadała krwawą Ofiarę na krzyżu.

Tego wieczoru biorąc do rąk chleb i wino przemienił je w swoje ciało i swoją krew, czyniąc z nich pokarm i napój, który ma nam towarzyszyć do końca świata.

Ustanawiając w ten sposób sakrament Eucharystii, polecił apostołom, by w przyszłości czynili to na Jego pamiątkę.

Z sakramentem Ciała i Krwi Pańskiej Jezus związał w sposób nierozerwalny posługę kapłańską.
Podczas Mszy Wieczerzy Pańskiej, sprawowanej wieczorem w Wielki Czwartek, Kościół świętuje ustanowienie przez Jezusa tych dwóch sakramentów: Eucharystii i Kapłaństwa.
Wszystkie gesty i słowa Jezusa, błogosławieństwo chleba i wina nawiązują do żydowskiej tradycji. Jednak Chrystus nadał tej uczcie nowy sens. Mówiąc, że poświęcony chleb jest Jego Ciałem, a wino Krwią, ustanowił Eucharystię, najważniejszy spośród sakramentów Kościoła.
Po spożyciu wieczerzy, w czasie której padły słowa: „To jest Ciało Moje", „To jest Krew Moja...", Jezus modlił się z uczniami śpiewając psalmy (113-118) oraz tzw. Wielki Hallel tj. Psalm 118.

Ponieważ noc paschalna przeżywana była na czuwaniu, dlatego też wszyscy udali się na dalszą część modlitwy do Ogrodu Oliwnego (Getsemani). Tam Jezus w sposób przejmujący – krwawy w sensie dosłownym, modlił się przed złożeniem swojej ofiary. Tam też został pojmany i doprowadzony przed oblicze władz religijnych w celu przeprowadzenia śledztwa, które miało ukryć zbrodnię.





Kołatki
Przed Liturgią Słowa odśpiewywany jest hymn Chwała na wysokości Bogu, podczas którego biją wszystkie dzwony i dzwonki. Od zakończenia hymnu instrumenty te milkną aż do Gloria w Wigilię Paschalną sprawowaną w noc Wielkiej Soboty. Do tego czasu w liturgii zamiast dzwonków stosuje się kołatki; drewniane instrumenty, zwane też z łaciny crepitacula lub tabulae. Radosny, miły dla ucha dźwięk dzwonków zastępuję więc surowe i żałobne brzmienie kołatek.

Umycie nóg
Po homilii ma miejsce w tym dniu także specjalny obrzęd umycia nóg 12 mężczyznom, zwany z łaciny mandatum (od pierwszych słów śpiewanej w czasie jego sprawowania pieśni pt. Mandatum novum: "Przykazanie nowe daję wam, byście się wzajemnie miłowali"). Symbolizuje on gest umycia nóg, jakiego dokonał Chrystus w wieczerniku podczas ostatniej Wieczerzy, posługując tym niewolniczym gestem swoim apostołom. Dał tym samym przykład wzajemnej służby i miłości: "Gdzie miłość wzajemna i dobroć, tam znajdziesz Boga żywego".
Umywanie nóg jako czynność liturgiczną wprowadzono ok. 649 r. w kościele w Toledo. Przewidywała go także reguła św. Benedykta. Zreformowane przepisy dotyczące liturgii Wielkiego Czwartku (1955 r.) zezwalają na mandatum już nie tylko biskupom i opatom, jak to było wcześniej, ale na jego stosowanie we wszystkich kościołach.

Przeniesienie Najświętszego Sakramentu
Po liturgii Eucharystycznej i rozdaniu Komunii św. (najczęściej pod dwiema postaciami) następuje przeniesienie w uroczystej procesji Najświętszego Sakramentu z tabernakulum do przygotowanego wcześniej miejsca, zwanego Ciemnicą lub ściślej: ołtarzem wystawienia, symbolizującego miejsce uwięzienia Chrystusa po Wieczerzy, w noc oczekiwania na wyrok.
Podczas procesji używa się kołatek i śpiewa się hymn Sław języku tajemnicę. Przy ciemnicy trwa do późnych godzin wieczornych adoracja Chrystusa uwięzionego i cierpiącego.

Obnażenie ołtarza
Z ołtarza zdejmuje się także obrusy (łac. denudatio altaris); czynią to diakoni lub akolici.
Do przełomu VII i VIII wieku obrusy na ołtarzach pozostawały jedynie w czasie liturgii. Jako że od Mszy Wieczerzy Pańskiej aż do Wigilii Paschalnej nie celebruje się Eucharystii (co nie znaczy, że nie sprawuje się liturgii!) - ołtarz pozostaje odkryty.
Dziś w geście obnażenia ołtarza upatruje się symbolikę obnażenia Jezusa z szat oraz jego opuszczenia przez bliskich. Sam ołtarz bowiem jest symbolem Chrystusa. Niegdyś zachowywano także zwyczaj zmywania mensy ołtarzowej wodą z winem na znak, iż z serca Jezusa wypłynęły krew i woda.

Istnieje także zwyczaj wygaszania wiecznej lampki przy tabernakulum oraz pozostawiania go otwartego na oścież - przecież świętych postaci eucharystycznych nie ma już w tym miejscu. Stąd wydaje się zbytecznym klękanie czy kłanianie się przed pustym tabernakulum.